저는 conf.d 폴더에 링크가 걸리지 않아서 오류가 생긴 경우 였습니다.
mssql 연결을 위해서 php를 모두 내리고 다시 설치를 했는데 완전 망가져 버렸고 저장소 업데이트와 업그레이드를 다시 해서(업그레이를 막고 있던 한 줄을 주석처리하니 제대로 설치가 되었습니다.) PHP를 다시 설치 후 php5-mcrpy를 다시 설치했습니다.
그 결과 링크가 제대로 설치 되지 않았고 그 링크를 다시 설정해 주니 extension 오류가 해결 되었습니다.
# 링크가 있는지 확인 하고 없으면 링크를 걸면 됩니다.
ln -s /etc/php5/mods-available/mcrypt.ini /etc/php5/fpm/conf.d/20-mcrypt.ini
# 설정파일 위치 확인
locate mcrypt.ini
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